一.公司税务异常的原因：
1.如果不按时记账和纳税申报，公司没有实际经营并不意味着不需要记账和纳税申报。一旦长时间不记账和纳税申报信息，就会出现异常。这样，当公司有实际操作时，就不能开具发票；
2.长期零申报一般不经营，即使在企业亏损期，也会选择零申报；零申报实际上是一件很常见的事情，但如果长期零申报，可能会纳入税收“走逃户”，严重的还会被检查。连续6个月零申报，税务机关可以吊销税务登记证，个别税务机关将按无效户处理；
3.如果公司地址变更不进行工商登记，主管税务机关不重新分配，影响纳税申报，导致公司税务异常；
4.法律禁止逃税；一旦税务局发现公司有逃税行为，将对公司进行处罚；在，公司的税务信息将显示异常。
二.处理企业税务问题的方法：
1.企业提供解释税务异常和解除税务异常的正当理由；
2.未付款的，可以通过申报表作废原申报，然后重新申报；已付款的，纳税人可以通过申报错误更正功能进行更正。申报错误更正后，系统将根据前后申报信息自动判断退款金额；
（1）退款金额为正，系统自动产生差额税。纳税人可以在付款期内通过付款功能缴纳税款，但超过付款期限的，需要到大厅缴纳；
(二)应补退金额为负，即多缴税款，纳税人应当向主管税务机关申请办理退税手续；
(3）如果补偿金额为零，系统将自动调整申请数据，纳税人无需缴纳税款或办理退税手续。
3.税务服务厅收到申请材料，检查纳税人提交的材料是否齐全.是否符合法定形式、接受、拒绝，并告知纳税人更正信息或接受的原因（部分地区需要提供租赁合同.租赁凭证或现场使用证及近3个月的水电费文件)；
四、有关部门调查核实有关情况；
5.纳税人补充申报.补缴税款.滞纳金.罚款；
6.税务服务厅根据管理部门的反馈，向纳税人补充申报.补缴税款.滞纳金.罚款后，纳税人处于异常状态；
7.对已公布其税务登记证无效的纳税人收取原税务登记证，并重新发放税务登记证。